تعزيز قراءة PTC بواسطة Y-320 من خلال زيادة التولد الحيوي للريبوسوم وإشارات Chemokine Autocrine

تحديد الجينات المعبر عنها تفاضليًا في خلايا سرطان الغدد الليمفاوية التائية الأولية وخلايا الدم المحيطية أحادية النواة باستخدام تقنية Affymetrix
تعزيز قراءة الخلايا السرطانية الأولية بواسطة جزيئات صغيرة يتضمن التولد الحيوي للريبوسوم وإشارات كيموكين الأوتوقراطية
بناءً على هذا المقطع، يبدو أن إمكانات الارتباط الجزيئي لفينيلبيرازولانيليد تتعلق بقدرته على تعزيز قراءة PTC بواسطة G418. من المحتمل أن يكون هذا التأثير بسبب قدرته على زيادة التولد الحيوي للريبوسوم وتخليق البروتين، والذي يمكن التوسط فيه من خلال مسار إشارات كيموكين مستبد يتضمن مستقبل CXCR2.
يؤثر على فعالية قراءة PTC بواسطة G418.
استنادا إلى التطورات الأخيرة في هذا المجال. يمكن أن يتضمن أحد الحلول الممكنة الجمع بين مركبات مختلفة تستهدف جوانب مختلفة من آلية الترجمة لتحقيق تأثيرات تآزرية. على سبيل المثال، أظهرت بعض الدراسات أن الجمع بين الأمينوغليكوزيدات وفئات أخرى من المضادات الحيوية، مثل الماكروليدات، يمكن أن يعزز قراءة PTC بشكل أكبر.
من خلال المسوخ وإيقافهم قبل أن يبدأوا في صنع بروتينات سيئة؟
فيما يتعلق بالآلية الكامنة وراء قدرة فينيلبيرازولانيليد على تعزيز قراءة PTC.
إمكانات الارتباط الجزيئي للفينيلبيرازولانيليد؟
يشير التقييد الجزيئي إلى العملية التي يرتبط فيها بوليميراز الحمض النووي الريبي (RNA) بمواقع محددة على الحمض النووي وينسخ جينات معينة بينما يقمع جينات أخرى. في سياق فينيلبيرازولانيليد، فهذا يعني أن الدواء يمكنه تحرير القيود الجزيئية التي تفرضها PTCs على التعبير الجيني، وبالتالي تمكين قراءة النصوص المنتهية.
من المؤكد أن فينيلبيرازولانيليد يعمل عن طريق منع تكوين مركب PTC-ribosomal المستقر، وهو أمر مطلوب لإنهاء الترجمة بكفاءة. يقوم بذلك عن طريق الارتباط بنهاية 3' من mRNAs التي تحتوي على PTCs ومنع التفاعل بين PTC والريبوسوم.
خلاصة
تسبب كودونات الإنهاء المبكر (PTC) أكثر من 10% من حالات الأمراض الوراثية. يمكن لبعض الأمينوغليكوزيدات التي ترتبط بمركز فك تشفير الريبوسوم أن تحفز قراءة PTC واستعادة المستويات المنخفضة من البروتينات الوظيفية كاملة الطول. ومع ذلك، فإن التثبيط المصاحب لتخليق البروتين يحد من مدى قراءة PTC التي يمكن تحقيقها بواسطة أمينوغليكوزيدات مثل G418. باستخدام شاشة قائمة على الخلايا، حددنا جزيءًا صغيرًا، وهو فينيلبيرازولانيليد فينيلبيرازولانيليد، الذي يعزز بشكل فعال قراءة TP53، وDMD، وCOL17A1 PTC بواسطة G418. بشكل غير متوقع، أدى فينيلبيرازولانيليد إلى زيادة مستويات البروتين الخلوي وتخليق البروتين، والتي تم قياسها عن طريق تلوين بروتين SYPRO Ruby ووسم البورومايسين، بالإضافة إلى التكاثر الحيوي للريبوسوم الذي تم قياسه باستخدام الأجسام المضادة لـ rRNA وبروتين الريبوسوم S6. لم يزيد فينيلبيرازولانيليد من معدل استطالة الترجمة ومارس آثاره بشكل مستقل عن إشارات mTOR. على مستوى الخلية المفردة، أدى التعرض لفينيل بيرازولانيليد وG418 إلى زيادة محتوى الريبوسوم وتخليق البروتين الذي يرتبط بقوة بقراءة PTC. كعامل منفرد، لم يؤثر فينيلبيرازولانيليد على دقة الترجمة المقاسة باستخدام جين مراسل لوسيفيراز ولكنه عزز الدمج الخاطئ بواسطة G418. أظهرت بيانات RNA-seq أن Y-320 ينظم التعبير عن مركبات CXC الكيميائية CXCL10 وCXCL8 وCXCL2 وCXCL11 وCXCL3 وCXCL1 وCXCL16. تمارس العديد من هذه المركبات الكيميائية تأثيراتها الخلوية من خلال المستقبل CXCR2 ومضاد CXCR2 SB225002 الذي يخفض مستويات البروتين الخلوي وقراءة PTC في الخلايا المعرضة لـ Y-320 وG418. تظهر هذه البيانات أن طبيعة التحديد الذاتي لقراءة PTC بواسطة G418 يمكن تعويضها بواسطة فينيلبيرازولانيليد، وهو مُحسِّن قوي لقراءة PTC الذي يزيد من التولد الحيوي للريبوسوم وتخليق البروتين. كما أنها تدعم نموذجًا يتم من خلاله تمكين زيادة قراءة PTC من خلال زيادة تخليق البروتين بوساطة مسار إشارات كيموكين مستبد. تثير النتائج أيضًا احتمال أن تؤثر العمليات الالتهابية على الميل الخلوي لعوامل القراءة وأن الأدوية المعدلة للمناعة مثل Y-320 قد تجد تطبيقًا في علاج قراءة PTC.
اسم المصدر: خزعة مجمدة طازجة معالجة مسبقًا، PTCL
نوع العينة RNA
الأنسجة: PBMC
جزيء المستخرج مجموع الحمض النووي الريبي (RNA).
تم عزل بروتوكول استخراج الحمض النووي الريبي (RNA) من أنابيب باكسجين الدم الكاملة باستخدام مجموعة RNAeasy (Quagen)
تسمية البيوتين
تم تسمية بروتوكول التسمية cRNA المجزأ بالبيوتين
بروتوكول التهجين تم تهجين العينات على شرائح HG-133 plus 2.0
تم فحص لوحات بروتوكول المسح الضوئي على أداة GeneTitan متعددة القنوات (Affymetrix)
الوصف M257_4
معالجة البيانات تمت معالجة مستوى المسبار بواسطة RMA مع تحويل log2 وملخص المسبار بواسطة تلميع متوسط ​​باستخدام 
( JMP Genomics v. 6.0 )
بروتوكول العلاج: تم تخزين الأنسجة المحفوظة بالتبريد من الخزعات المعالجة مسبقًا والتي تم الحصول عليها في وقت التشخيص في النيتروجين السائل أو -80 درجة مئوية قبل استخراج الحمض النووي الريبي بالكامل.
بروتوكول النمو تم تجميد جميع الأنسجة المستخدمة في الدراسة طازجة ومخزنة في درجة حرارة أقل من -70 درجة مئوية.
جزيء المستخرج مجموع الحمض النووي الريبي (RNA).
بروتوكول الاستخراج تم استخراج إجمالي الحمض النووي الريبي (RNA) باستخدام Trizol وتنقيته أيضًا باستخدام RNeasy Mini Columns  قبل تشغيل قسامات في الفصل الكهربي لهلام الاغاروز وقياسها بواسطة مقياس الطيف الضوئي عند 260 و 280 نانومتر لتقييم جودة الحمض النووي الريبي (RNA).
تسمية البيوتين
تم إعداد بروتوكول التسمية Biotinylated cRNA وفقًا لبروتوكول Affymetrix القياسي من 3 ميكروغرام على الأقل من إجمالي الحمض النووي الريبي (الدليل الفني لتحليل التعبير، Affymetrix).

بروتوكول التهجين بعد التجزئة، تم تهجين 20 ميكروجرام من cRNA لمدة 16 ساعة عند 45 درجة مئوية على مصفوفات U133 بالإضافة إلى 2.0 من Affymetrix. تم غسل المصفوفات وتلطيخها في محطة Affymetrix Fluidics 400.
بروتوكول المسح Affymetrix Scanning Protocol.
وصف بيانات التعبير الجيني من خزعة PTCL المعالجة مسبقًا.
كلن-65
معالجة البيانات تم تحليل البيانات باستخدام Microarray Suite الإصدار 5.0 (MAS 5.0) باستخدام إعدادات التحليل الافتراضية Affymetrix والقياس العالمي كطريقة للتطبيع. تم ضبط متوسط ​​كثافة الهدف المشذب لكل صفيف بشكل تعسفي على 100. وتم إجراء مزيد من التحليل (على سبيل المثال، التجميع والتصنيف) باستخدام إصدار BRB-ArrayTools (3.7.0).
GC-RMA:خوارزمية قياس نسبة GeneChip. 
إنها خوارزمية تستخدم لقياس مستويات التعبير الجيني من بيانات المصفوفة الدقيقة للحمض النووي.
هل تقول أنه يجب علينا استخدام نفس الخوارزمية لمعالجة بياناتنا أيضًا؟

موضوع ممتاز ممتاز جدا واكثر من رائع